از قرون وسطا به بعد، علوم و نظریه های جدیدی مبنا گذاری شد، درحالی که در مدارس و داشنگاه های ما به ما آموزند که این نظریه ها، علمی بودند و از آنجایی که کلیسا مخالف علم بود، اینان در خطر کلیسا بودند، درواقع اصلا مسئله چنین نیست. علوم فیزیک و طب از بسیاری قبل وجود داشت، درواقع خود کلیسا نیز کاملا علمی بوده و معتقد به نظریه های مختلف، ولی بحثی که در علیه کلیسا وجود دارد، یکسری نظریه علمی نیست، درواقع مجموعه نظریه هایی فلسفی است.

در دوران باستان و سنتی، علوم موضوعی و کلی بودند، یعنی همان چیزی که همه ما از علوم تصور می کنیم (البته بیشترمان) که درواقع یعنی یک موضوع که درباره ی آن تحقیق می شود، ولی علوم جدید چنین نیست! در علوم مدرن ما متودی کار می کنیم، بدین شرح که درواقع علم یک فلسفه دارد! 

بیشتر می شود صحت این ادعای من را در خود نوشته های دانشمندان بزرگ دید. یکی از رایج ترین مسائل این است که ما می شنویم گاهی بعضی ها می گویند که می شود با علم مدرن خدارا اثبات کرد! و می گویند که خب چگونه می شود این همه پیچیدگی در عالم بدون خالق باشد، این مسئله خود از جایی دیگر منبع می گیرد! شما در علوم جدید با یکسری متود رو به رو هستید، شما در علوم مدرن رابطه علیت را فقط یک حس می دانید پس این که این همه پیچیدگی خالقی دارد، یک حس است که برای علوم مدرن فقط ممکن بودن خدارا اثبات می کند. شما هیچگاه نمی توانید خدارا با علم اثبات کنید چون علم راسیونال است. در حالتی که کلیسا مخالف با چنین نگرشی که آمپریستی است، می بود.

مبنای علوم جدید در این است که شما نباید چیزی را قبول کنید! بدین شکل که شما هیچگاه نمی توانید بگویید خدا هست، تنها راه اثبات چیزها همان مشاهده ای است که در ابتدایی و راهنمایی به ما می آموزند. یعنی یا باید دید، یا شنید، یا بو کرد، یا حس کرد، یا چشید! درواقع علوم مدرن معتقد است که انسان نمی تواند چیزی بفهمد. علوم جدید رابطه ی علیت را قبول ندارد تا شما بتوانید با آن خدارا اثبات کنید. هرچند بین دانشمندانی مثل کانت (البته ایشان فیلسوف بود) برای اینکه جامعه از کنتر ل خارج نشود، خدا را ااخلاقی اثبات می کردند، یعنی می گفتند اگر نباشد همه چیز از کنترل خارج می شود، پس باید باشد! 

بدین شرح می خواهیم به یکسری نکته بپردازیم تا طولانی نیز نشود این بحثمان. 

۱) در علوم مدرن، کسی نمی تواند چیزی را به یقین بداند. همه چیز را با حس می شود گفت و درواقع علوم مدرن با عقل مخالف است! پس با خود عقلی به نام عقل جزئی به کار می آورد، درحالیکه فلسفه را قبول ندارد. پس فلسفه ای راسیونال به وجود می آورد که درواقع به درد نخور است! شما در علوم جدید هیچ رابطه ی عقلانی را نمی توانید اثبات کنید. این بحث که خدا هست و نیست، یک رابطه ی عقلی را می طلبد چون وجود خارجی طبیعی ندارد، و این را علم قبول ندارد. رابطه علیت اثبات دارد که علامه طباطبایی کرده است، ایشان اثبات کرده است (البته جای آن اثبات در این مقاله نیست تا شرح دهیم) ولی علوم مدرن عقل را قبول ندارد!‌ 

کلیسا با این وسواس ندانم گرایی اروپایی باید مقابله می کرد.

۲) بیشتر نظریه های علمی درواقع فلسفی هستند و اصلا مبنای علمی ندارند. از جاذبه نیتون تا گالیله و داروینیسم و نسبیت عام و کوانتوم!‌ نظریه گالیله مسخره ترین نظریه بوده و است، مبنا بر اینکه زمین کروی است، ولیکن نظریه نیوتن بعد از گالیه تنها دلیل موجه بر اثبات کروی بودن زمین می توانست باشد! چون کمینه می کند زمین را. داروین هیچگاه در ابتدای کار خود اثبات زیست شناسی نمی آورد، درواقع بیشتر فلسفه علوم الهی را رد می کرد. در علوم اللهی و کتاب هایی همچون قرآن و انجیل، انسان از ((حضرت آدم)) نسلش ادامه پیدا کرده و حضرت آدم را خدا آفریده که به این نظریه، خلقت گرایی می گویند. درحالیکه نظریه داروین می گوید که انسان را خدا نیافریده و از نسل میمون است. البته ما نیز می توانیم این نظریه های نفی کنیم همچنان که شهدای آوینی و مطهری، و بسیار ی دیگر گفته و آورده اند، ولیکن جایش این مقاله نیست. هرچند یکی را بخاطر مرتبط بودن به مقاله باید بیاوریم. داروین نظریه داروینیسم را که کاری اتمام نیافته از پدربزرگش بود، برای نفی نظریه صنع مسیحیت یا همان نظریه نظم الهی اسلام آورد، که از استدلال های وجود خدا در علم کوسمولوژی است. یعنی باور دارد نظم موجود بخاطر خدا و خالقی هست. درحالیکه نفی های زیادی اعم از فلسفی و زیست شناسی بر داروین بر این مبنا که انسان از نسل میمون است و اینکه نظم حاصل بقاست وارد کرد، اما مسئله این است که آیا این باز فرق می کند که انسان از میمون باشد یا آدم، و یا اینکه بقا باشد یا خلقت، به هرحال وجود یکچیز خالق می خواهد. (برای درک بیشتر به کتاب توسعه و مبانی تمدن غرب شهید آوینی که کتابی بسیار عالی است مراجعه شود).